PGD kønsvalg er ualmindeligt og bruges typisk af medicinske årsager, specifikt når par ved, at de er bærere af genetiske tilstande forbundet med biologisk sex. Disse X-kromosomforbundne lidelser findes primært hos mænd.
Uden for medicinske årsager kan brugen af kønsvalg være kontroversiel. Vi foreslår, at de fremtidige forældre ikke bevidst vælger barnets køn, men at de tillader det at ske tilfældigt. Ikke desto mindre er der mulighed for at vælge det fremtidige barns køn efter forældrenes ønske, hvis de er enige herom.